Giải trẻ

Nishikori giành chức vô địch năm 2004 tại giải đấu Riad 21 tổ chức ở Rabat. Anh cũng vào đến vòng tứ kết tại Giải Pháp mở rộng 2006 dành cho tay vợt trẻ. Sau đó, anh đã tham gia đánh đôi với Emiliano Massa để giành chức vô địch ở nôi dung đôi nam tại giải đấu đó. Nishikori cũng đã giành Luxion Cup 2007 tổ chức tại Giải quần vợt Sony Ericsson Mở rộng sau khi đánh bại Michael McClune.

Ở giải trẻ, anh có thành tích 73 trận thắng - 37 trận thua ở nội dung đơn nam và 53 trận thắng - 31 trận thua ở nội dung đôi nam, từng giữ vị trí thứ 7 trên bảng xếp hạng thế giới ở nội dung đôi nam vào tháng 7 năm 2006.